Comment, devant l'irrésistible montée de la misère et le danger omniprésent de peste, des hôpitaux de petite taille répondent-ils à une demande de plus en plus pressante d'assistance ? Sont-ils encore en mesure d'offrir, selon la tradition, le secours à toute sorte de pauvres — passants, pèlerins, malades, enfants, mendiants, vieillards — sans risquer de compromettre l'équilibre de leurs ressources ? L'idée devient courante que les miséreux ne méritent pas automatiquement une aide. Perçus avec effroi, considérés comme oisifs et parasites, ils menacent, aux yeux d'une majorité, l'ordre moral et social. La bienfaisance ne doit s'adresser qu'à de bons pauvres — travailleurs, enfants — accueillis préférentiellement au Saint-Esprit de Besançon dès le 15e siècle. Des laïcs de l'entourage de Philippe le Bon, tel Jean de Montaigu, s'intéressent au fait hospitalier : l'établissement fondé à Salins grâce aux revenus du sel ne le cède en rien en magnificence aux hospices de Beaune. Les municipalités, soucieuses de sécurité, moins enclines à la philanthropie, s'impliquent ; surveillant le personnel hospitalier, elles réclament des comptes, légifèrent en matière de police, d'hygiène et de salubrité publique, réglementent la mendicité, enferment les pauvres ou les chassent. Ainsi, devant la peur de l'autre — le pauvre, le malade ou l'étranger — l'assistance se transforme : les lépreux notamment, victimes particulières de ces mesures, sont plus strictement relégués et leur sort laisse préfigurer celui des pauvres dans les hôpitaux généraux de l'époque moderne.