Le préfet est garant de la légalité républicaine, assurant le contrôle des actes des collectivités locales tout en garantissant le développement équilibré du territoire à l'échelle régionale. Il est garant des libertés publiques. Entre les droits légitimes à la liberté et à la sécurité, il assure le respect de la démocratie par la défense de l'ordre public, ce qui a pu poser la question de sa responsabilité, notamment pénale. En somme, institution vieille de deux siècles, souvent critiquée, mais jamais vraiment remise en cause, le Préfet est au cœur de l'État moderne, assurant le délicat équilibre entre l'intérêt général et le particularisme local, l'application uniforme de la loi et les réalités du terrain (Nouvelle-Calédonie, Pays basque…), entre le respect des libertés locales et la cohésion du développement régional, entre la liberté et la sécurité.