Ce dossier présente, sur la longue durée, la situation administrative des établissements d'enseignement secondaire (collèges d'Ancien Régime, puis lycées et collèges) en les replaçant dans les débats relatifs à l'autonomie des établissements scolaires. L'étude sur le temps long permet, d'une part, de questionner le lieu commun associant l'idée d'un manque d'autonomie des établissements au centralisme uniformisateur napoléonien, et, d'autre part, de nuancer l'affirmation selon laquelle c'est la massification de l'enseignement secondaire qui aurait rendu nécessaire l'autonomie des collèges et des lycées. La question de l'autonomie est examinée dans tous ses aspects : administratif, pédagogique, financier. Une question récurrente est celle de savoir si l'autonomie de l'établissement doit être associée au renforcement de l'autorité du chef d'établissement, ou si elle doit permettre une démocratisation de la gestion de l'établissement. Par ailleurs, l'autonomie de l'établissement ne doit pas être considérée seulement par rapport à l'État, mais aussi par rapport au pouvoir municipal, comme le montre la situation des collèges d'Ancien Régime et des collèges municipaux au XIXe siècle. Aussi bien la question de la décentralisation interfère-t-elle avec celle de l'autonomie des établissements. Il en va de même de celle de la déconcentration, les rectorats pouvant se montrer dirigistes. Ce dossier ne néglige pas les cas particuliers des établissements situés en ZEP ainsi que celui des établissements expérimentaux.