Frédéric Prodeo est responsable d'opération à l’Inrap en Nouvelle-Aquitaine après avoir longtemps exercé en Picardie, où il était co-responsable d’un programme de surveillance archéologique des carrières de granulats de la vallée de l’Oise.
C’est là que s’est développé son goût pour l’époque néolithique sur laquelle il a obtenu sa maîtrise, au sujet du Rubané récent du Bassin parisien et du groupe de Villeneuve-Saint-Germain, puis son DEA, sur une méthode d’analyse des sites fossilisés en contexte alluvial appliqué à un gisement du Chasséen septentrional (EHESS, Toulouse, sous la direction de J. Guilaine).
À partir de 1986, à la suite de nombreuses incursions sur des fouilles jurassiennes, il noue une amitié et une collaboration durables avec Anne-Marie et Pierre Pétrequin, auprès de qui il apprend des méthodes de fouille en milieu humide et saisit tout l’intérêt des approches ethno-archéologiques et expérimentales. Cette complicité le mènera sur divers projets d’étude, notamment à la recherche des jades alpins, pour lesquels il contribue aux publications par son expertise de la cartographie et des systèmes d’information géographique.
Dans les domaines du SIG, de la photogrammétrie et plus largement des méthodes de l’archéologie préventive, son goût pour la pédagogie l’amène à enseigner dans diverses contrées, de l’Algérie à la Russie, de l’Angleterre au Cambodge.
Il a dirigé plusieurs fouilles importantes, à Pineuilh { la Mothe }, sur un habitat du XIe siècle conservé en milieu humide, mais aussi à Clermont-Ferrand, sur l’agglomération arverne d’Aulnat-Gandaillat et la nécropole néolithique de Pontcharaud.
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