La conjonction de méthodes d'analyse paléoenvironnementales et archéologiques a fourni des informations novatrices sur ces occupations de plein air en contexte alluvial. Les campements, du Mésolithique ancien à récent, ont ainsi été replacés dans leur cadre environnemental. Parallèlement, distribution des vestiges, industrie lithique, origine des matières premières siliceuses et restes fauniques ont permis de restituer leur organisation spatiale et de préciser l'identité culturelle des groupes de chasseurs. Fait remarquable, à Ruffey a été découverte l'une des plus anciennes sépultures à incinération du Sauveterrien moyen. La fréquentation de la Bresse jurassienne par différents groupes culturels affirme le rôle de carrefour de la Franche-Comté.